Em um futuro onde a humanidade foi subitamente transformada em pedra por uma luz misteriosa, o mangá Dr. Stone apresenta uma jornada épica de reconstrução. Milhares de anos se passaram e a natureza retomou o controle total do planeta, apagando quase todos os vestígios da tecnologia moderna. Quando o brilhante jovem cientista Senkuu desperta de seu longo sono de pedra, ele decide que não deixará a civilização perecer na nova Idade da Pedra. Ao lado de seu leal amigo Taiju Ooki, Senkuu utiliza seu vasto conhecimento científico para restaurar a humanidade do zero através de invenções geniais. No entanto, o caminho para o progresso encontra um grande obstáculo. Ao libertarem o poderoso Tsukasa Shishiou para proteção, eles se deparam com um adversário que possui uma visão de mundo radicalmente oposta. Tsukasa deseja um mundo purificado, livre da corrupção tecnológica, onde apenas os jovens e fortes prosperam. Assim começa um embate ideológico e físico épico entre a mente brilhante de Senkuu e a força bruta de Tsukasa. Esta obra-prima do gênero shonen combina aventura e ficção científica, explorando se a inteligência humana pode realmente superar o poder da natureza primitiva e restaurar a glória do passado.